反佐药对与正佐药对的配伍有所不同，正佐药对的配伍大都二药的性味、功效、主治相同，在“七情合和”中，一般不会出现“相反”、“相畏”、“相杀”、“相恶”的配伍，所以正佐药对的配伍较为容易，但亦必须掌握剂量的大小、用量的比例。反佐药对的组合相对较难，可以说在“七情合和”中，除了“单行”不用，“相反”少用外，其余“相须”、“相使”、“相畏”、“相杀”、“相恶”均为常用的配伍，甚至“相反”有时亦要斡旋使用。

反佐药对的配伍，仅就“七情合和”的理论指导，尚属不足，必须全面结合药性理论之四气、五味、升降浮沉和归经，并且亦必须结合中医多方面的理论和治则治法的指导，例如生克制化中的水火相济，泻南补北、培土生金、滋水涵木等均是反佐药对的配伍方法和可循规律。同时，反佐药对在配伍与应用中，还须掌握以下情况：一为必须按中医药理论的指导，不任意拼凑无根据的药对；二为必须在前人方剂或医案中有此配伍方法的先例；三为自己本人临床经验所得者，亦须反复验证有效无误；四为凡是有毒之药配伍应用，中医药文献虽有记载，但亦必须自我体验，安全可靠，方能使用。

反佐药对的配伍的特定要求，主要以其相对立的用药方式，取得一致而统一的疗效结果，亦即有相反而相成或相激而相成的意义。例如辛温解表发汗之麻黄与甘寒清里热之石膏配伍，一温一寒，一散表寒一清里热，一开腠发汗一护津止汗，二药药性、功效截然不同，但二药相配合后，既能发表散邪，又能清泄里热；又如甘温补气之黄芪与苦寒破气之枳壳配伍，一甘一苦，一温一寒，一升一降，一补一消，二药性味、功效均不相同，但经配伍合用后，则补而不满，消而不伤正，既可升清，又能降浊；再如苦寒泻下之大黄与温涩止泻之石榴皮配伍，一苦一涩，一寒一温，一泻下一止泻，一攻实一补虚，二药性味、功效全然不同，但经配伍合剂后，攻下不伤脏腑，收涩不留病邪，实者可去，虚者能补。