二
1937年，抗日战争全面爆发，日本大规模入侵中国，这对中国科学事业的发展造成了灾难性的影响。随着战事的蔓延，东部的学术、教育和文化机构及其设施被迫内迁，使近现代科技转型遭受了重大挫折。
当七七事变的消息传到南京，中央研究院经研究决定，除工程、物理、化学3所部分设备封存于上海以外，其他各所可以移动的设备和人员都集中于长沙。1938年2月，根据战事的发展，中央研究院决定把地质所、物理所、化学所与心理所4所迁往广西桂林，史语所、天文所、气象所、社会科学所与工程所5所迁往云南昆明，动植物所与总办事处则迁往重庆。
经过将近一年的艰难辗转，各研究所克服重重艰难险阻，按计划南渡、西迁，逐步在预定地点落定，为国家保存了科研的实力和元气。
但当时内陆地区的落后与艰苦，远超人们的想象。首先是住房问题很难解决，一个所几十号人，还带着家属，哪有那么多空房子等着你呀。于是，有些所只能不断迁徙，以寻找最佳的落脚处。比如史语所和社会科学所，已经按计划到了云南昆明，但发现那里不合适，最后还是咬咬牙，又从昆明搬到了重庆长江边上的李庄。
其次是科研设备与资料奇缺。在战火纷飞中长途跋涉，交通工具又不给力，各所只能带少许生存必需的物品和便于携带的仪器设备。即便带上了路，也未必能安全抵达目的地。在全面抗战爆发后的头两年中，中央研究院因遭日机轰炸及迁移散失，造成器具损失5 849件，约值27万元；图书损失65 800册，约值19万元；仪器、古物损失316件，约值26万元。最惨的物理所，西迁至广西时，存放在金城江的部分设备、物资全遭焚毁，存放在六甲、加必屯两处的财物也被炸毁大半。文科研究靠书籍，还可以将就；理工和生物科需要仪器设备，研究就一筹莫展了。
还有一点，也是最要命的，是抗战后法币贬值，物价飞涨。到1942年，物价更如脱缰的野马，一年中上涨20余倍，科研人员靠工资原来可以过比较优裕的生活，但这时连温饱都成问题。如有患病，那只能听天由命；扛不过去，就会发生人间悲剧。据不完全统计，院士的子女中，有6名在抗战期间因病夭折，汤用彤一子一女，李济两个女儿，竺可桢和杨钟健各有一子。这是他们为国做出的牺牲，但也是他们心中永远难以抹平的伤痛。
虽然生活条件和研究环境如此艰苦，但科研人员仍坚持理想，克服重重困难，取得了不俗的成绩。
朱家骅就任中央研究院代院长，非常注重科研为战争服务的宗旨，认为中央研究院在抗战时期“应求急切之功，使研究工作适应抗战需要”，据此，中央研究院各研究所加强了应用科学的研究。一些本来就具有应用价值的研究所，譬如负责调查矿产的地质所、提供天气预报的气象所，以及工程研究所等，进一步与战争需求相结合；物理所、化学所等研究重点也向应用科学转移，如化学所对战时急需药物的研究；社会科学所对战时经济的调查和战后对日索赔研究；等等。这些研究的成果都为抗战提供了重要服务。
即便在抗战极端困苦的情况下，中央研究院也没有放弃基础科学的研究。据统计，1944年各研究所进行的研究中，有72项研究计划是纯科学研究，占全部研究计划的65％；应用科学则有38项，占总数的35％。
抗战期间，中央研究院的研究成果有：
在理工科方面，华罗庚的“堆垒素数论研究”、陈省身的“微分几何中高斯博内公式和拓扑学研究”、吴大猷的“多原子分子的结构及振动光谱”等都是当时国际最高水平的成果。而在国际上影响最大的，还是李四光于1945年出版的《地质力学的基础与方法》一书，阐述了中国人首创并在国际上有深远影响的地质学理论。
在医科方面，冯德培发现肌肉收缩有放热的效应，被国际生理学界称为“冯氏效应”。
在文科方面，许多具有里程碑意义的著作，也完成于抗战时期，如陈寅恪的《唐代政治史述论稿》《隋唐制度渊源略论稿》，汤用彤的《汉魏两晋南北朝佛教史》，金岳霖的《论道》以及冯友兰的“贞元六书”，还有梁思成于1945年出版的中国第一部建筑史专著《中国建筑史》。
中央研究院的科研院所也在扩充之中。1941年3月，数学研究所筹备处于昆明的西南联大内成立，由原在南开大学任数学教授的姜立夫主持。植物研究所从动植物所中分立出来，由罗宗洛主持。体质人类学研究所和医学研究所的筹备也提上了议事日程。体质人类研究所由史语所的吴定良主持，但因找不到同仁，也没有仪器设备，始终没能建立起来。医学研究所的筹备名义上由林可胜负责，但实际主持的是林可胜的副手冯德培。
由于战争因素，中央研究院的科研受到很大影响。不仅正常的研究无法展开，导致一些原本有先发优势的项目中断，错过了最佳成果收获时机；而且即便有些研究取得了成果，也因战时经费紧缩，致许多具有学术价值的研究成果无法发表，令人扼腕。中央研究院评议会在1941年决议发行中文的《学术汇刊》与英文的《科学纪录》两种学术性刊物，但因缺少经费，在抗战期间仅各出了两册。朱家骅曾特别向蒋介石递送签呈请求拨款刊行，也没结果。
虽然处在战火纷飞的年代，中央研究院仍旧加强了对外交流与合作，不仅提升了中央研究院和中国科学界在世界的地位，同时也间接为中国的抗战做出了贡献。1943年4月，英国皇家学会、牛津大学、剑桥大学派遣陶育礼、李约瑟等教授，美国科学院也以葛德石教授为代表访华，传达英美学术界对中央研究院之敬仰与推动学术合作之意。其中，陶育礼和李约瑟代表英国学界提出了中英互相供给研究资料，交换研究意见及文献，交换教授、学生等科学合作办法的具体建议。中央研究院方面则聘请陶德斯为史语所通信研究员，李约瑟为化学所通信研究员与动植物所通信研究员，就此开启了中英科学研究合作事业。1939年，中央研究院还派员参加第六届太平洋科学会议等国际学术会议。