一

1927年4月18日，国民政府在南京正式成立。

就在国民政府成立的前一天，也就是4月17日，国民党中央政治会议讨论重大决策，会议行将结束时，李石曾突然提出了一项关于成立中央研究院的提案，蔡元培、张静江和吴稚晖等都是提案的联署人。他们四人都是国民党的元老，有“商山四皓”之称。蒋介石当时忙于其他事务，对文化教育之类的事关注较少，对此也不感兴趣，既然元老们提出，就由着他们吧。于是，会议连讨论都没讨论，就一致通过了提案。

7月4日，南京政府公布了《大学院组织法》，规定大学院为全国最高学术教育行政机关，并决定正在筹备的中央研究院为中华民国大学院的附属机关之一。

10月1日，已辞去北京大学校长职务的蔡元培出任大学院院长。根据《大学院组织法》，蔡元培聘请了学术界人士杨杏佛、王季同、胡刚复、王琎、王世杰、周鲠生等30余人为筹备委员。

11月20日上午10时半，蔡元培在大学院会议厅主持召开了中央研究院筹备委员会及各专门委员会成立大会，筹备委员谌湛溪、曾昭抡等30人参加。会议通过了《大学院中央研究院组织大纲》《中央研究院筹备会及各专门委员会工作进行方法》等。会上还讨论了全院架构，决定全院分为三个部门：行政、评议和研究。行政部门成立总办事处，设总干事一人，负责全院行政事宜；评议部门设评议会，指导、联络、奖励学术之研究；研究部门计划成立研究所、博物馆以及图书馆，从事科学研究。会议认为科学研究应该包括以下领域：①数学；②天文学与气象学；③物理学；④化学；⑤地质学与地理学；⑥生物科学；⑦人类学与考古学；⑧社会科学；⑨工程学；⑩农林学；⑪医学。由于经费限制，会议达成的共识是：择要筹设研究机构。

根据《中央研究院组织条例》（1928年4月6日由国民政府正式通过），大学院院长蔡元培兼任中央研究院院长，大学院教育行政处主任杨杏佛兼任中央研究院秘书长。

中央研究院的成立，是中国现代学术史上具有历史意义的一件大事，标志着中国历史上第一次将国家学术研究机构列入政府行政组织之中，也标志着学术在中国从此与教育脱钩。蔡元培更把余生的主要精力放在中央研究院的学术研究事业发展上，而他对中国科学的最大贡献，就是为中国知识分子创造了一个纯学术研究的场所。

从1928年1月开始，中央研究院各所逐步设立。1928年1月，成立地质研究所，所长为北京大学教授李四光。1928年2月，成立气象和天文两个研究所，分别由国立中央大学教授竺可桢和曾担任驻法公使的中央观象台台长高鲁任所长。1928年3月，理化实业研究所在上海成立，分设物理、化学、工程三个组。4个月后，三个组都提升为所，即物理所，所长丁燮林；化学所，所长王琎；工程所，所长周仁。1928年3月，还成立了社会科学研究所，金融货币专家杨端六为所长。

1928年4月，在国民党内部反对派的激烈反对下，国民政府的教育体制发生重大变化：取消大学院，恢复教育部旧制，任命蒋梦麟为教育部部长，中央研究院成为国民政府直辖机构，并作为全国最高科学研究机关。后来，又颁布了《中央研究院组织法》，将“科学”易为“学术”，规定其为全国“最高学术研究机关”。4月23日，国民政府特任蔡元培为中央研究院院长。蔡元培任命原大学院副院长杨杏佛为秘书长，但不久秘书长改称总干事。杨杏佛是当时中国最大的学术社团中国科学社的发起人之一，曾担任过中国科学社的编辑部部长，并负责科学社《科学》月刊的编辑事务长达7年。蔡元培对杨杏佛十分倚重，有杨杏佛在，他基本不管具体院务，除特别重大的事项外，一切都由杨杏佛出面操持。

蔡元培的目标是将中央研究院打造成远离政治纷争的纯学术研究机构，以实现“学术自由”“科学救国”的理想。但是，国民党方面对此并不赞同，原定在南京清凉山划拨千亩土地作为建院基地，后来这一计划也被借故搁置。中央研究院总办事处虽然设在南京成贤街57号，但又在上海亚尔培路（今陕西南路）331号设驻沪办事处。蔡元培及实际负责的总干事杨杏佛都常驻上海，有意与政治中心保持距离，尔后索性将总办事处迁到了上海。

1928年6月9日，蔡元培和杨杏佛在上海东亚酒楼召开中央研究院第一次院务会议，正式宣告中央研究院成立。这一天后来被定为中央研究院的院庆日。出席这次会议的有：天文研究所所长高鲁、气象研究所所长竺可桢、社会科学学者陶孟和、地质研究所所长李四光和研究员徐渊摩、社会科学研究所所长杨端六和研究员周鲠生、理化实业研究所所长丁燮林和研究员王季同、宋梧生等。

1928年10月，中央研究院历史语言研究所在广州成立。在蔡元培的计划中，原本没有历史语言研究所这个研究机构，当时在中山大学任文学院院长的傅斯年偕中山大学副校长朱家骅前往上海，面见蔡元培院长。傅斯年原是蔡元培担任北大校长期间的学生，五四时期的风云人物，素为蔡元培所激赏，他在蔡元培面前颇有发言权。傅斯年受德国兰克史学派的影响，提出要以科学方法研究史学，并强调要把历史学与语言学同自然科学一样看待。在傅斯年的积极倡导下，蔡元培欣然同意历史学和语言学从社会科学研究所中剥离出来，成立独立的历史语言研究所。因傅斯年当时在广州任教，历史语言研究所就放在了广州，并任命傅斯年为代所长，所内分设历史组（主任陈寅恪）、语言组（主任赵元任）、考古组（主任李济）三组。1929年6月，傅斯年这个代所长的“代”字去掉了，被正式任命为所长，该所也由广州迁往了北平。

1928—1934年，中央研究院一共组建了10个研究单位，分别是地质、气象、天文、社会科学、物理、化学、工程、历史语言、心理和动植物等研究所。其中：心理研究所成立于1929年5月，所长唐钺；1934年7月，自然历史博物馆改名为动植物研究所，所长王家楫；动植物研究所后来于1944年5月一分为二，动物研究所所长仍为王家楫，植物研究所所长则为罗宗洛。

蔡元培领导的中央研究院采取分权制，他只是负责遴选各所所长人选，对各所的发展和研究方向则不加干涉。

中央研究院原来拟在南京城西清凉山集中兴建各所，但因当局不肯交付许诺的土地，而原拟拨款也没有落实，蔡元培只得采取分三地建立中央研究院的办法。中央研究院院部在南京，总办事处设在上海；气象、天文和动植物3个研究所设在南京；地质、物理、化学和工程4个科学所设在上海；历史语言和心理2个所设在北平；社会科学所则一所分设在两个地方，法制组和民族组在南京，经济组和社会组在上海。

蔡元培院长和杨杏佛总干事都有意把中央研究院办成一个不受政治干预和支配的学术机关。蒋介石对蔡元培的办院主张并不认同，两人为此还发生过争执。蔡元培不仅在国民党内属于元老，在学界更是德高望重，蒋介石对蔡元培的特立独行，也只能徒呼奈何。

中央研究院的编制坚持从紧，宁缺毋滥。1931年8月，全院共有研究人员235人，其中专任研究员53人，特约研究员50人，兼任研究员4人，名誉研究员2人。后来，非专职的研究人员越来越多，包括兼任研究员、特约研究员、通信研究员和名誉研究员等。非专职的研究员人数竟然超过专职研究员。

中央研究院为工作人员提供的待遇如下：专任研究员，每月200～500元不等；专任编辑员及技师，120～300元不等；事务员、助理员60～180元不等；书记30～60元不等。这个薪资水平，在当时来说算是比较高的。

中央研究院的经费几乎全部来自政府。南京国民政府时期每年拨款120万元，这个金额只有北京大学的三分之一左右。朱家骅继任总干事后，中央研究院的年度经费一度增加了10万元。但不到一年，朱家骅就挂冠辞职，继任的任鸿隽与国民党中枢关系不深，顶多也只能争取到原经费额的六三折而已。还是吴稚晖从中斡旋，不仅至少保持了每年130万元的预算基数，还断绝了孔祥熙意欲控制中央研究院的念头。

中央研究院研究人员的薪资虽然还算优厚，但要开展研究，就杯水车薪了。国民政府那里已到极限，蔡元培只好寻求外援。其中给予中央研究院支持最多的是中华教育文化基金会和中英庚款董事会。如1929年，蔡元培就从中华教育文化基金会争取到了50万元，相当于当时全院总预算的四成。这些经费给了物理、化学、工程三所，作为建设和设备的费用。另外，中华教育文化基金会还每年资助历史语言研究所3万元。中英庚款董事会则从1934年起，分3年补助中央研究院科学仪器设备制造费10万元。

中国最高学术机构就是在这样捉襟见肘的窘境中起步的。